Kodomo no Jikan narra las desventuras que sufre un profesor llamado Daisuke Aoki que ingresa a una escuela como tutor. En su clase conocerá a Rin Kokonoe, una niña de 9 años que sentirá una "atracción" hacia él, algo que le puede causar problemas a Daisuke y podría perder su empleo y su reputación. Rin Kokonoe es una chica que estudia tercero de primaria,un poco loquita. Kokonoe se enamora perdidamente de su profesor y junto con sus amigas, Kuro y Mimi le hace todo tipo de bromas,hasta no poder dar mas....