Yuki recuerda que su vida es estar perdida en mitad del invierno y ser atacada por un vampiro fuera de control. Otro vampiro, Kuran Kaname, la salva, y la lleva con el que se convierte en su padre adoptivo: el director de la Academia Cross.
Esta academia de élite oculta un secreto. Los alumnos de la Clase de Noche son en realidad vampiros, ya que el director y Kuran Kaname creen que es posible una convivencia pacífica de humanos y vampiros.
Yuki y Zero, un chico procedente de una familia de cazadores de vampiros cuyos padres fueron asesinados por un vampiro varios años atrás, son los únicos de la Clase de Dia que conocen el secreto, y se ocupan de mantener el orden en la Academia. Zero odia a los vampiros más que a nada en el mundo, pero a su vez también oculta un gran secreto.