La serie narra las aventuras de una compañía de transportes, no muy favorecida a ojos de la ley, establecida en la ciudad ficticia de Ruananpur, en Tailandia. Se centra en el conflicto interno de Okajima Rokuro (Rock). Éste es un ejecutivo de una empresa japonesa que es secuestrado por la organización Black Lagoon, y que decide pasarse a sus filas después de ver la humillación de sus jefes y el sistema al cual pertenece. Cerca de él se encuentra Rebeca (Revy "Two-Hands"), una joven china-americana muy buena con el manejo de armas pero bastante intolerante; ella protegerá a Rock a pesar de todo los sucesos que se presentan. Los acompañan Dutch, el jefe de Black Lagoon, y Benny, un experto en informática y sistemas de comunicación.

Cuando Okajima Rokuro visita el Sureste de Asia portando un disco secreto, es secuestrado por piratas a bordo de una lancha. A pesar de que pensaba que seria rescatado pronto, la compañía le abandona, y enviá mercenarios para recuperar el disco secreto. Escapa por los pelos y salva la vida, pero no tiene adonde ir. Deja atrás su vida y su pasado, y decide vivir como miembro de Black Lagoon.